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墨菲斯劳伦斯·菲什伯恩饰演Nebuchadnezzar号飞船上的船长。他和他的船员的使命是保护人类最后的城市锡安，并将其他人从矩阵中解救出来。一直在寻找尼奥，并坚信尼奥就是救世主。他在锡安很受欢迎，但在矩阵的特工眼里是一名被通缉的恐怖分子。
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特工史密斯雨果·维文饰演矩阵中的杀毒程序，他在矩阵中是没有身体的，由于是杀毒程序，所以被矩阵赋予了超越常人的能力。在矩阵中他具有改写人类角色程序的能力，所以可以不断借用他人身体。是尼奥最大的对手。
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崔妮蒂凯瑞-安·莫斯饰演一名逃离了矩阵的电脑程序员和黑客，因侵入一个极其安全的数据库而在黑客界闻名。是墨菲斯的助手，帮助其他人逃离矩阵。与尼奥有着非常微妙亲密的关系。
